알림
뒤로
CANDDIE Platform - Atomatrix
PLATFORM

CANDDIE Platform Service

2026년 출시 예정인 클라우드 기반 신약 설계 SaaS 플랫폼.
누구나 접근 가능한 완전 자동화 워크플로로 신약 개발 혁신을 이끕니다.

클라우드 기반의
차세대 신약 설계 플랫폼

Alphafold 기반 모델링부터 BARon/Allopiper를 아우르는 CANDDIE Platform Service는 복잡한 계산화학 전문 지식 없이도 누구나 사용할 수 있는 완전 자동화된 시뮬레이션 기반 신약설계(CADD) 플랫폼입니다.

CANDDIE Platform의 핵심 가치

CANDDIE: Computational Automation for New Drug Discovery with Intelligent Experimentation

접근성
CADD 비전문가도 사용 가능한 직관적 인터페이스
완전 자동화
전체 워크플로 자동화로 전문 지식 불필요
클라우드 기반
어디서나 접근 가능한 SaaS 플랫폼
CANDDIE 플랫폼 특징
여러 in silico 모듈을 패키지형 워크플로우로 통합하여, 복잡한 설정 없이 손쉽게 실험 수행
비전문가를 위한 추천 템플릿과 자동 최적화된 파라미터 설정 제공
전문가를 위한 자유로운 파라미터 조정 기능 지원
실제 실험을 대체할 만큼의 정밀한 분자동역학(MD) 시뮬레이션 구현 기술과 수십 가지 자동 분석 도구 내장
복잡한 MD 데이터를 자동 분석·시각화해, 직관적으로 활용할 수 있는 환경을 제공
기본 분석부터 BARon, Allopiper와 같은 심화 분석까지 완전 자동화된 분석 환경 제공

CANDDIE Platform 워크플로

단백질 입력부터 최종 분석까지, 3단계 10스텝으로 구성된 자동화 프로세스

STAGE 1: 약물 설계 준비 단계
1
단백질 선택
PDB 파일 또는 UniProt ID 입력
2
구조 준비 완료
AlphaFold 구조 최적화 및 검증
3
결합 부위 찾기
활성 부위 자동 탐색 및 정의
STAGE 2: MD + 결합 분석 단계
4
평형화
시스템 안정화 자동 실행
5
리간드 결합 MD
결합 상태 분자동역학
6
리간드 X 구조 MD
비결합 상태 분자동역학
7
결합 친화도 계산
BAR/MBAR 기반 ΔG 예측
STAGE 3: 분석 결과 시각화 단계
8
결합 자세 구조
3D 시각화 및 구조 분석
9
BARon
결합 친화도 상세 분석
10
Allopiper
신호 전달 경로 예측

최종 출력 결과

결합 친화도
정량적 ΔG 값
상호작용 맵
주요 결합 잔기
구조 안정성
RMSD/RMSF 분석
신호 경로
Allopiper 예측

CANDDIE 플랫폼 UI 소개

사용자가 플랫폼 단계별 워크플로 진행 결과를 직관적으로 확인할 수 있는 UI 제공

입력 단계 (Input)
단백질 구조와 리간드 정보 입력
Step 1: Protein Preparation
단백질 구조 준비 및 최적화
Step 2: SitePrep
결합 부위 탐색 및 준비
Step 3: SimRunner-EQ
시스템 평형화 시뮬레이션
Step 4: SimRunner-PR
프로덕션 MD 시뮬레이션 및 결합 친화도 계산

평형화가 완료된 시스템에 대해 프로덕션 MD 시뮬레이션을 자동 실행하며, 리간드 결합 상태와 비결합 상태의 트라젝토리를 생성합니다.

  • → 결합/비결합 상태 병렬 시뮬레이션
  • → BAR/MBAR 알고리즘으로 결합 자유에너지(ΔG) 계산
  • → 트라젝토리 데이터 자동 저장 및 분석 준비

다양한 분자 타입에 적용 가능

CANDDIE 플랫폼 서비스는 다양한 치료 모달리티에 대한 결합 친화도 예측을 지원합니다.

Antibody

항체 치료제

Chemical

저분자 화합물

Peptide

펩타이드

Affibody

친화체

특히 GPCR에 최적화

CANDDIE 플랫폼 서비스는 막단백질, 특히 GPCR 표적에 대해 최적화된 알고리즘을 탑재하고 있습니다. InflateGro를 이용한 최적의 생체막 형성, 원형구조 보존을 위한 distance restraint, 세분화된 production 등 GPCR 특화 기술을 제공합니다.

CANDDIE 플랫폼 서비스와 함께
신약 개발의 성공률을 높이세요

⚡

빠른 예측

약 4일 이내에 GPCR 시스템의 결합 친화도를 정확하게 계산합니다.

🎯

높은 정확도

실험 데이터와의 높은 상관계수(R² > 0.7)를 통해 검증된 예측 성능을 제공합니다.

🔬

과학적 신뢰성

10년 이상의 GPCR 연구와 다수의 SCI급 논문을 통해 검증되었습니다.

CANDDIE 플랫폼 서비스는 초기 설계의 기준선을 높여 후속 연구 단계의 실패 확률을 낮추고, 기업의 R&D 자원 배분을 보다 전략적으로 만들어 드립니다.

CANDDIE 기술 참조 논문

QM
Oxidative denitrogenation of liquid fuel over W2N@carbon catalyst derived from a phosphotungstinic acid encapsulated metal-azolate framework
Appl. Catal. B: Environ., 2021 | IF 22
Research involving Kim et al.
 CADD
Identification of ACK1 Inhibitors as Anticancer Agents by using Computer-Aided Drug Designing
J. Mol. Struct., 2021 | IF 4.7
Research involving Kim et al.
 MD
IOX1 activity as sepsis therapy and an antibiotic against multidrug-resistant bacteria
Sci. Rep., 2021 | IF 3.9
Research involving Kim et al.
 QM
Optimization of Three State Conical Intersections by Adaptive Penalty Function Algorithm in Connection with the MRSF-TDDFT Method
J. Phys. Chem. A, 2021 | IF 3
Baek et al.
 QM
How neutral nitrogen-containing compounds are oxidized in oxidative-denitrogenation of liquid fuel with TiO2@carbon
Phys. Chem. Chem. Phys., 2021 | IF 2.9
Baek et al.
 CADD
In Silico Study Identified Methotrexate Analog as Potential Inhibitor of Drug Resistant Human Dihydrofolate Reductase for Cancer Therapeutics
Molecules, 2020 | IF 4.6
Research involving Kim et al.
 QM
Entangled iodine and hydrogen peroxide formation in ice
Phys. Chem. Chem. Phys., 2020 | IF 2.9
Baek et al.
 CADD
Computational Simulations Identify Pyrrolidine-2,3-Dione Derivatives as Novel Inhibitors of Cdk5/p25 Complex to Attenuate Alzheimer's Pathology
J. Clin. Med., 2019 | IF 2.9
Kim et al.
 GPCR
How do branched detergents stabilize GPCRs in micelles?
Biochemistry, 2020 | IF 2.6
Lee et al.
 GPCR
Activation Microswitches in Adenosine Receptor A2A Function as Rheostats in the Cell Membrane
Biochemistry, 2020 | IF 2.6
Research involving Lee et al.
 Kinase
Kaempferol targeting on the fibroblast growth factor receptor 3-ribosomal S6 kinase 2 signaling axis prevents the development of rheumatoid arthritis
Cell Death & Disease, 2018 | IF 9.6
Research involving Lee et al.
 MD
One-Dimensional Projection of Collective Variables for Effective Sampling of Complex Chemical Reaction Coordinates
J. Chem. Theory Comput., 2018 | IF 5.5
Baek et al.
 Kinase
Bitopic inhibition of ATP and substrate binding in Ser/Thr kinases through a conserved allosteric mechanism
Biochemistry, 2018 | IF 2.6
Research involving Lee et al.
 MD
Sampling long timescale protein motions: OSRW simulation of active site loop conformational free energies in formyl-CoA:Oxalate CoA transferase
J. Am. Chem. Soc., 2010 | IF 15.6
Lee et al.